Voditelj zbirke: Nela Tarbuk, muzejski savjetnik
Stariji dio zbirke drvene skulpture nema homogeni karakter, jer po načinu svojeg dolaska u Muzej nije bio plod usmjerene sakupljačke djelatnosti. Već krajem prošlog stoljeća stvara se jezgra gotičke skupine skulptura za zbirku sakralnog kiparstva, koja je za Muzej otkupljena iz župne crkve u Vrbovcu, dok velik broj predmeta potječe iz nekadašnjih privatnih zbirki.
Drugi, vrlo opsežni dio zbirke dospio je u Muzej kao poklon, otkup iz župnih ureda, te nizom sličnih otkupa. Riječ je ponajprije o kipovima s nekadašnjih oltara, propovjedaonica i drugih dijelova crkvenog namještaja koji su jedini ostaci uklonjene barokne opreme crkava i kapela. Taj je dio zbirke posebno dragocjen, jer potječe beziznimno s lokaliteta sjeverne Hrvatske, te produbljuje znanje o baroknom kiparstvu toga područja, kao i o majstorima koji su tu djelovali. Svojim stilsko-tipološkim obilježjima većina kipova i dekorativnih fragmenata pripada krugu srednjoeuropskog baroknog kiparstva, osobito onome koji je prevladavao u istočnoalpskom području. Osim utjecaja iz inozemstva, domaći i udomaćeni kipari slijede i zakonitosti vlastite sredine u koju presađuju tekovine svojih uzora i prilagođavaju ih novom okružju. Tijekom 17. i 18. st. upravo domaći majstori daju jak zamah sakralnom kiparstvu, a kao središta te djelatnosti osobito se ističu Zagreb, Varaždin, te mnoga manja mjesta i trgovišta, kao što su na primjer Križevci.
Krajem 17. st. u Zagrebu je izuzetno značajnan rad kipara Ivana Komersteinera. Kao već izgrađena kiparska ličnost dolazi iz Ljubljane i oprema zagrebačku katedralu novim oltarima. Oltari sv. Marije i sv. Ladislava koji su u vrijeme regotizacije katedrale odstranjeni, danas se, spojeni u jednu cjelinu, čuvaju u fundusu Muzeja.
U 18. st. ističu se zagrebački kipari koji djeluju u široj okolici grada: Klaudius Kautz radi za Mariju Bistricu, a Antun Reiner u Pešćenici. Izuzetno aktivna kiparska radionica biskupa Josipa Branjuga opremila je niz oltara u široj okolici Zagreba, od kojih se fragmentarno sačuvani dijelovi iz Marije Bistrice također čuvaju u fundusu.
Značajan dio fundusa su kipovi župne crkve u Drnju, pokrajinskog kipara Stjepana Severina, čija se djela nalaze na području od Čazme do Virovitice.
Osim domaćih kipara nailazimo i na prisutnost pokojeg stranog, kao što su gradački kipar Vid Königer, ili Josip Holzinger iz Maribora, te Ferdinand i Matija Gallo iz Celja.
Fond zbirke čiji je sadržaj crkvena skulptura, u manjem broju posjeduje i profanu, (19. i 20. st.), a u novije vrijeme prikuplja i suvremena ostvarenja hrvatskih autora.